有以下幾種方法可以清除腸道有害菌：

　　1. 增加益生菌攝入：通過飲食或口服益生菌制劑增加腸道內益生菌的數量，從而競爭性地抑制有害菌的生長。

　　2. 飲食調整：減少攝入高脂、高糖、高纖維素等易導致有害菌滋生的食物，增加膳食纖維、水果、蔬菜、全谷類等對腸道有益的食物。

　　3. 多喝水：保持體內水分充足，可以促進腸道排便，減少有害菌在腸道停留的時間和機會。

　　4. 使用抗生素：抗生素可以針對特定的有害菌進行治療，但需遵醫囑使用。

　　5. 腸道灌洗：嚴重的腸道感染或慢性便秘可考慮進行腸道灌洗，清洗腸道內有害菌和毒素。

　　6. 避免不良生活習慣：避免長時間久坐、過度飲酒等不良生活習慣，從根源上避免有害菌滋生的環境。