通過免疫系統中的細胞和分子的協同作用來識別和清除胞內菌。這些機制包括細胞介導的免疫反應，如單核細胞/巨噬細胞和自然殺傷細胞的吞噬和殺菌作用，以及細胞外分子介導的免疫反應，如抗體和補體系統的作用。胞內菌也會被識別并激活細胞自噬和炎癥反應來消除。