腸道有益菌和有害菌有很多種，以下是一些常見的例子：

　　有益菌：

　　1. 雙歧桿菌

　　2. 乳酸菌

　　3. 可酸化菌

　　4. 枯草桿菌

　　5. 糞鏈球菌

　　6. 嗜酸乳桿菌

　　7. 短梗桿菌

　　8. 發酵菌

　　有害菌：

　　1. 大腸桿菌

　　2. 沙門氏菌

　　3. 腸炎弧菌

　　4. 艱難梭菌

　　5. 產氣莢膜梭菌

　　6. 厭氧菌

　　7. 溶血性鏈球菌

　　8. 病毒（例如諾如病毒、輪狀病毒）