活菌和非活菌的區別在于它們的生命狀態。活菌是指具有生命力和代謝能力的微生物菌種，可以進行自我繁殖和生長，而非活菌則是指已經死亡或不能繁殖的微生物。非活菌的細胞內部結構已經破壞，細胞膜和細胞壁失去完整性，因此無法進行正常的代謝和生長。在實際應用中，常見的活菌和非活菌的區分方法包括革蘭染色、細胞計數、細胞培養等。