人類腸道主要菌群包括：
1. 雙歧桿菌（Lactobacillus）
2. 枯草菌（Bifidobacterium）
3. 腸球菌（Bacteroides）
4. 菌群類芽孢桿菌（Clostridia）
5. 厭氧梭菌（Clostridium difficile）
6. 病原性大腸桿菌（Escherichia coli）
7. 易變桿菌（Enterobacter）
8. 腸球菌屬（Bacteroides fragilis group）
9. 耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌（MRSA）
10. 銅綠假單胞菌（Pseudomonas aeruginosa）
