在一定程度上，菌群失調可能會自愈。人體內的微生物群落是一個復雜的生態系統，當身體健康并提供適當的環境時，它們通常會平衡和調節自己的生長和分布。例如，如果您攝入了一些有益的細菌，例如發酵食品或益生菌制品，它們可能會幫助恢復腸道菌群的平衡。

　　菌群失調也可能需要治療。如果失調嚴重，可能會發生消化問題、免疫系統問題等健康問題。治療可能包括使用抗生素殺死不良細菌、改變飲食和生活方式來鼓勵有益菌群生長，或者使用其他的醫學干預來恢復菌群平衡。