目前已知的腸道菌群種類眾多，主要包括以下幾類常見的菌群：

　　1. 基因除球菌（Bacteroidetes）：包括擬桿菌屬（Bacteroides）和擬桿菌絲狀菌屬（Parabacteroides）等。

　　2. 菌門菌（Firmicutes）：包括腸球菌屬（Clostridium）和假單胞菌目（Lactobacillales）等。

　　3. 鏈球菌（Actinobacteria）：主要包括雙歧桿菌屬（Bifidobacterium）和隱桿菌屬（Actinomyces）等。

　　4. 放線菌（Proteobacteria）：主要包括腸桿菌屬（Escherichia）和克雷伯菌屬（Klebsiella）等。

　　5. 變形菌（Verrucomicrobia）：主要包括梭菌屬（Akkermansia）等。

　　除了以上幾類常見的菌群外，還有一些其他的菌群也被發現在腸道中，例如放線菌門（Actinobacteria）、嗜酸菌門（Fusobacteria）等。還有一類未能歸屬于已知菌門的菌群，被稱為未分類菌門（Unclassified）或未培養菌門（Uncultured），它們的功能和影響仍然需要進一步研究。腸道菌群種類繁多，不同的人和不同的生活方式、飲食習慣等會導致菌群組成的差異。