發酵菌是一類能夠利用有機物質發酵產生能量的微生物。這些微生物包括細菌、真菌或酵母等，它們具有特殊的酶系統，可以將復雜的有機物質分解成較簡單的化合物，并產生能量和有機產物。發酵菌在食品、藥物、酒精等工業生產中具有重要的應用價值，例如酵母菌可用于發酵面包、啤酒等食品的制作，乳酸菌可用于制作酸奶等乳制品，青霉菌可用于制作青霉素等藥物。