湯圓在煮的過程中，相應的淀粉分子會逐漸吸收水分膨脹，直至達到飽和狀態。此時，由于溫度的升高，淀粉分子的分子鏈會逐漸斷裂并釋放出一些碳水化合物，這些碳水化合物與湯圓中的花生、蓮蓉等餡料中的色素結合后，便產生了藍色的反應。某些食材中含有一定的酸堿值，若湯圓沒有煮熟，這些酸堿成分也會影響湯圓的顏色。