治療便秘的益生菌菌種包括：

　　1. 雙歧桿菌（Bifidobacterium）：雙歧桿菌是腸道中常見的益生菌之一，可以促進腸道蠕動，增加糞便體積，緩解便秘。

　　2. 鼠李糖乳桿菌（Lactobacillus rhamnosus）：鼠李糖乳桿菌可以增加腸道水分含量，改善便秘癥狀。

　　3. 乳酸菌（Lactobacillus）：乳酸菌可以幫助改善腸道菌群平衡，促進腸道蠕動，緩解便秘。

　　4. 枝梅芽孢桿菌（Bacillus subtilis）：枝梅芽孢桿菌具有抗菌作用，可以抑制有害菌的生長，改善便秘。

　　這些益生菌菌種都可以通過飲食或益生菌產品的攝入來補充，但具體使用哪種益生菌菌種最適合個體需要需要咨詢醫生或營養師的建議。