腸道菌群發揮作用的時間因人而異，一般視個體的腸道狀態而定。在攝入膳食或口服益生菌等干預措施后，腸道菌群的作用可能在幾小時或幾天內顯現。通過改變飲食結構和引入益生菌或益生元等干預手段，腸道菌群的效果需要長時間積累與鞏固。建立并保持健康的腸道菌群需要長期的維持與關注。