有機本草銀耳和普通銀耳之間的區別主要在于生長環境和生產過程。有機本草銀耳是在無污染環境中有機種植，采用自然養護、天然施肥等有機種植方式，沒有使用任何化學農藥、化肥、催化劑等人工合成物質。它所含的營養成分更為豐富，口感更加鮮美，有明顯的保健功效。而普通銀耳則不一定采用有機種植方式，可能會使用化學農藥、化肥等人工合成物質，所含的營養成分和保健功效可能較少。